Το σχολείο του Λυκείου Φιλοθέης διαθέτει μαθητικές αθλητικές ομάδες με μέλη από όλες τις τάξεις του σχολείου, για τη συμμετοχή στα διάφορα σχολικά πρωταθλήματα.